二代測序技術(High-throughput sequencing)又稱“下一代”測序技術("Next-generation" sequencing technology  NGS),高通量測序以其高輸出量與高解析度的特性,不僅為我們提供了豐富的遺傳學信息,而且使得測序的費用和時間大大縮短。在基因組測序、轉錄組測序、宏基因組測序、表觀遺傳測序、外顯子捕獲測序、靶區域測序等諸多科研及精準醫療檢測領域內有廣泛地運用。

二代測序
客戶提供?????????

如有對照樣本與實驗樣的區分,講明正常樣品與實驗樣品

如有分組,詳細描述分組分析信息,以及分組比較的分析需求信息。

技術流程????????
交付報告????????

測序原始數據
質控后數據(clean data);

實驗結果類文件
分析報告以及分析結果文件
部分發表文章用的方法描述性文檔(定制性)。

1.1擴增子測序?????????
項目介紹????

擴增子測序是一種高靶向性富集基因組中感興趣區域,用于分析特定區域中的基因變異的方法。擴增子(目的片段產物)的超深度測序可以有效地識別變異并對其進行特征分析。總體思路是靶向地捕獲目標區域,然后進行新一代測序NGS,分析測序結果,得到相應信息。

應用領域??

1.癌癥基因測序靶向癌癥測序側重于一組精選的基因、基因區域或擴增子,它們與癌癥有著已知的關聯,預先設計的集合和定制集合都可用于研究目標靶向基因; 

2.疾病篩查使用NGS可通過同時評估多個基因來發現遺傳病的致病變異,與傳統方法相比,使用NGS可降低成本,因為傳統方法通常成本較高且不確定,同時需要大量測試; 

3.植物和動物測序預設基因組區域靶向重測序可以發現動物和植物中的基因變異,這些變異可能代表了有益的突變,可以幫助做出育種決策,還可能揭示與疾病易感性相關的突變

4.微生物組測序主要采用第二代高通量測序平臺測定16S/18S /ITS高變區域的序列,來反映環境樣品中細菌、真菌、古菌分類學水平上的物種差異,對研究海洋、土壤、腸道等環境中的微生物群落有重要的指導作用,同時也應用于不同的宏基因組學樣本的系統發育和分類學研究。

實驗及數據分析流程??
(1)16s擴增子檢測
項目介紹??

16S rRNA基因存在于所有細菌的基因組中,是細菌編碼rRNA相對應的DNA序列,其高度的保守性和特異性是細菌進化的“分子尺標”。16S rDNA擴增子測序是指對環境樣品中的16S rRNA基因高變區進行PCR擴增及高通量測序的一種技術,廣泛應用于樣本中微生物群落的快速鑒定。

應用領域?

1. 醫學領域:疾病與人體微生物間關系,如代謝類疾病、消化類疾病、自身免疫性疾病、腫瘤癌癥、神經類疾病及其他疾病等;

2. 畜牧領域:腸道、瘤胃等微生物群落與動物繁殖、生長發育、營養健康、免疫和疾病治療等的互作關系;

3. 農業領域:根際微生物與植物互作、農業耕作/施肥處理與土壤微生物群落等;

4. 環境領域:某一特定環境(霧霾、沙塵等污染環境,住宅、商場等生活環境)的微生物群落組成,有機肥發酵處理、污水治理、石油降解、水體及海洋環境等微生物群落分布和組成等;

5. 特殊極端環境:極端環境條件下的微生物類群研究。

實驗及數據分析流程?
送樣指南?

1.環境樣本:土壤5-10g,污泥/沉積物5-10g,水體-濾膜過濾至有可見覆蓋物,糞便3-5g,血液10mL;

2.DNA:總量≥1μg,濃度≥10ng/μL,OD260/280=1.8-2.0并確保DNA無降解,無污染;

3.送樣管務必標清樣品編號,管口使用Parafilm膜密封;

4.樣品保存期間切忌反復凍融,送樣時使用干冰運輸。

諾賽基因DNA測序登記單

諾賽基因96DNA測序登記單

?諾賽基因通用引物表

QQ咨詢:——————

(2)ITS擴增子檢測
項目介紹??

在真核生物rDNA中,18S rDNA和28S rDNA轉錄間隔序列稱為ITS,位于18S和5.8S之間的為ITS1區,位于5.8S和28S之間的為ITS2區。18S、5.8S和28S的基因序列在大多數生物中趨于保守,物種間變化小,而轉錄間隔區ITS1和ITS2作為非轉錄區,在進化過程中承受的自然選擇壓力較小,能容忍更多的變異,在絕大多數的真核生物中表現出了極為廣泛的序列多態性,可用于真菌分類鑒定。

應用領域?

1. 醫學領域:疾病與人體微生物間關系,如代謝類疾病、消化類疾病、自身免疫性疾病、腫瘤癌癥、神經類疾病及其他疾病等;

2. 畜牧領域:腸道、瘤胃等微生物群落與動物繁殖、生長發育、營養健康、免疫和疾病治療等的互作關系;

3. 農業領域:根際微生物與植物互作、農業耕作/施肥處理與土壤微生物群落等;

4. 環境領域:某一特定環境(霧霾、沙塵等污染環境,住宅、商場等生活環境)的微生物群落組成,有機肥發酵處理、污水治理、石油降解、水體及海洋環境等微生物群落分布和組成等;

5. 特殊極端環境:極端環境條件下的微生物類群研究。 

實驗及數據分析流程?
送樣指南?

1.環境樣本:土壤5-10g,污泥/沉積物5-10g,水體-濾膜過濾至有可見覆蓋物,糞便3-5g,血液10mL;

2.DNA:總量≥1μg,濃度≥10ng/μL,OD260/280=1.8-2.0并確保DNA無降解,無污染;

3.送樣管務必標清樣品編號,管口使用Parafilm膜密封;

4.樣品保存期間切忌反復凍融,送樣時使用干冰運輸。

1.2個人基因檢測
項目介紹??

基因是攜帶遺傳信息的DNA片段,是控制人類生命活動的基本遺傳單位,與人體的生、老、病、死息息相關。個人基因組檢測是指在基因的層面,對個體遺傳信息進行分析和解讀,評估潛在健康風險,幫助實現疾病的早期預防,從而制定科學精準的健康管理方案。

檢測項目?

1.全基因檢測全基因組是全部遺傳物質的總和,對全基因組進行測序可以破解人體遺傳密碼。全基因組測序可以保存受檢者全部的基因信息,一次檢測受益終身
全基因組重測序是對基因組序列已知物種的個體進行基因組測序,并在個體或群體水平上進行差異信息分析的方法。

2.全外顯子檢測全外顯子是指基因組中全部外顯子區域的集合包含編碼蛋白質合成所需要的絕大部分信息,涵蓋了與個體表型相關的大部分功能性變異 全外顯子基因檢測技術是一種針對全外顯子序列進行捕獲和高深度測序,從而找到致病突變,或與疾病相關的新基因,涉及全身各大系統,是一種非常精密的疾病檢測方法,具有高準確性和高靈敏度的特點

3.加強全外顯子檢測在全外顯子檢測的基礎上增加了一些有意義的內含子檢測區域,檢測的范圍高于全外顯子檢測,即加強版的全外顯子檢測;

4.功能性基因檢測如易感基因檢測、用藥指導、天賦基因等。

適用人群?

有家族性疾病遺傳史或罕見病史的人群;有相關慢性病史的人群;長期處于污染或有害環境條件下的人群;飲食不良或生活不規律的人群;關注用藥安全的人群;關注下一代健康,想進行孕前篩查的人群;關注自身疾病風險的健康人群。

檢測流程?
送樣指南?

           樣本類型                                 總量                                                具體操作

血液

≥1ml

EDTA抗凝管采血,顛倒混勻,凍存管分裝;

液氮速凍,-80°C保存,干冰運輸。

口腔脫落細胞

2-4根棉簽拭子


在雙側面頰內部中等力度 上下擦動,同時旋轉拭子 10-20 圈,讓拭子頭部充分接觸口腔黏膜;

建議5日內常溫寄到我司。

人體FFPE

白片>8片

石蠟卷>8卷

厚度5-10μm,表面積>10mm×10mm;

常溫保存及運輸,注意避免不同樣品間蠟片交叉污染;

建議使用1年內的FFPE樣本。

唾液

2ml

唾液采集好后與保護液按1:1混合,上下顛倒至少10次充分混勻。建議5日內常溫寄到我司;

具體檢測項目可咨詢基因健康部,任何產品方面的問題,請撥打010-67883332-857。

1.3宏基因組檢測
項目介紹?

宏基因組測序就是一種以環境樣品中的微生物群體基因組進行提取,以此為研究對象,對微生物多樣性、種群結構、進化關系、功能活性、相互協作關系及與環境之間的關系為研究目的的新的微生物研究方法,解讀微生物群體多樣性與豐度,探索微生物與環境及宿主之間的關系,發掘和研究新的且具有特定功能的基因。與傳統微生物研究方法相比,宏基因組測序技術規避了絕大部分微生物不能培養、痕量菌無法檢測的缺點,因此近年來在環境微生物學研究中得到了廣泛應用。

應用領域?

1. 醫學領域:代謝病、腫瘤癌癥等;

2. 畜牧領域:腸道、瘤胃(如產甲烷菌類群)與動物健康/營養消化研究等;

3. 農業領域:根際微生物與植物互作、農業耕作/施肥處理與土壤微生物群落等;

4. 環境領域:霧霾處理、污水治理、石油降解、酸性礦水處理及海洋環境等;

5. 生物能源:特殊功能的菌株、基因挖掘、工程菌的開發;

6. 特殊極端環境:極端環境條件下的微生物類群研究。

檢測流程?
送樣指南?

1.環境樣本:土壤5-10 g,污泥/沉積物5-10 g,水體-濾膜過濾至有可見覆蓋物,糞便3-5 g,血液10 mL;

2.DNA:總量 ≥ 1 μg,濃度 ≥ 10 ng/μL,OD260/280=1.8-2.0并確保DNA無降解,無污染;

3.送樣管務必標清樣品編號,管口使用Parafilm膜密封;

4.樣品保存期間切忌反復凍融,送樣時使用干冰運輸。

5.具體項目合作,請聯系公司技術支持

1.樣品質檢流程是怎樣的?

DNA檢測:Nanodrop檢測Qubit檢測→瓊脂糖凝膠電泳檢測;

RNA檢測:Nanodrop檢測→瓊脂糖凝膠電泳檢測→Agilent 2100檢測;

文庫檢測Qubit檢測→Caliper/NGS3K/Agilent 2100檢測→QPCR定量檢測


2.文庫的最適插入片段長度范圍?

PE150平臺:DNA 350 bp;PE250平臺:270~470 bp;  RNA 250~300 bp;SE50平臺: <530 bp(以上片段均指不包含接頭序列的插入片段長度)

實際文庫制備時,HiSeq文庫大小介于300bp-500bp之間MiSeq文庫大小介于300 bp-600 bp之間;鳥槍法建庫時,文庫應小于1000bp。


3.自建庫有哪些注意事項?

1)需要客戶提供文庫體積及初步檢測的濃度,并滿足送樣要求;

2)需提供建庫接頭詳細正確的序列信息以及正向無誤的index序列,以確保文庫能在測序儀順利上機以及保證后續數據正常拆分。


4.16S測序哪個區域比較合適?

目前并沒有絕對的研究表明哪個測序區域更好。根據比較權威的研究表明土壤樣本,16S V4區(515F-806R)比較適合做擴增子研究,可檢測的物種多樣性更豐富,并且可重復性強(PNAS. 2013. 110(16): 6548-6553.)。Illumina官方推薦的是V3+V4區。


5.若關注環境中的真核微生物多樣性,ITS測序和18S測序哪個更好?

ITS測序主要是針對真菌多樣性的研究,注釋準確度高;18S測序針對的是真核微生物,注釋到的范圍廣,但是就真菌來說精確度相對較低;可根據研究目的合理選擇測序方案。


6.擴增子與宏基因組的區別?

擴增子主要分為16S、18S、ITS測序,關注環境樣本中的物種組成,該技術物美價廉,實用性高。宏基因組關注環境樣本中的物種組成、功能組成及代謝通路等信息,該技術深入挖掘環境樣本功能層面的信息。


7..宏基因組與微生物多樣性的區別?

宏基因組將基因組DNA隨機打斷成若干條小片段,然后在片段兩端加通用引物進行PCR擴增測序,將得到的reads進行組裝后進行基因預測得到基因序列,眾多基因構成環境中微生物的基因集

微生物多樣性主要針對核糖體小亞基基因序列進行測序(16s rDNA或者18s rDNA),該基因既存在高度保守的區域還包括高變區,通過特異性引物對某一段高變區(如V4區)或某幾段高變區(如V3-V4區)進行擴增測序,然后與數據庫比對,可特異性識別細菌種類

總的來說,微生物多樣性主要告訴我們環境里有什么微生物,而宏基因組主要告訴我們環境里的微生物能做什么。


8.為什么宏基因組與微生物多樣性物種注釋結果存在差異?

微生物多樣性和宏基因組都會分析環境中物種的種類但是物種的豐度在二者之間存在一定的差異 第一種原因是微生物多樣性是基于核糖體小亞基基因序列進行物種注釋和豐度統計,但是在不同物種中核糖體基因的拷貝數不一樣,這會帶來一些誤差;第二種原因是二者在建庫測序過程中會進行PCR反應,在PCR這個過程中也會存在一些誤差。

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